گرچه پس از گذشت قریب به یک قرن از تخریب حرم مطهر ائمه بقیع علیهم السلام و از بین رفتن تمام آثار این بناى باشکوه و معنوى نمى توان همانند سایر ابنیه تاریخى و مذهبى، از آثار آن به عظمت و قدمتش پى برد و تاریخ ساختمان آن را بدست آورد، ولى آنچه از منابع مختلف بدست مى آید، تا حدّى مى تواند ما را با تاریخ و چگونگى این حرم شریف آشنا سازد و بیانگر وضع این بناى فخیم و پرشکوه معنوى در طول تاریخ گردد.
پل خواجو از اواخر تیمورى شالوده هایى داشته و به امر شاه عباس دوم در سال 1060 به صورت امروزى آن ساخته شده است. در وسط این پل براى اقامت موقتى شاه صفوى و خانواده او ساختمان مخصوصى (که به نام بیگربیکى شهرت دارد) بنا شد که هم اکنون نیز وجود دارد و طاق هاى آن داراى تزئینات نقاشى است. نام پل خواجو، تحریف کلمه «خواجه» است که به مناسبت لقب بزرگان و خواجههای عصر صفوی نام گذاری شده است.